गेम पैनडेमिक 2 के दूसरे भाग में, आप एक घातक महामारी के रूप में संपूर्ण मानवता को नष्ट करने के अपने मिशन को जारी रखेंगे। खेल आपके रोग के प्रकार को चुनने से शुरू होता है: वायरस, बैक्टीरिया या परजीवी। फिर आप अपने संक्रमण के लिए एक प्रारंभिक बिंदु चुनेंगे। वहां से आपको अपनी बीमारी बाकी दुनिया में फैलानी होगी। दुनिया भर में फैलकर, आप अपनी बीमारी में सुधार कर सकते हैं और इसे ऐसा बना सकते हैं कि लोग इससे पीड़ित न हों। अपने वायरस को लगातार संशोधित करते रहें ताकि मानवता इसका इलाज न ढूंढ सके। तो धीरे-धीरे आप महामारी 2 गेम में ग्रह की पूरी आबादी को नष्ट कर देंगे
