सर्वनाश विभिन्न कारणों से हो सकता है, गेम एपोकैलिप्स रन में आप उस नायक की मदद करेंगे जो सर्वनाश के केंद्र में था जो मशीनों के विद्रोह के परिणामस्वरूप दिखाई दिया। आर्टिफिशियल इंटेलिजेंस, जिसकी उपस्थिति का इतना इंतजार किया गया था और इसके तेजी से विकास के लिए इसकी प्रशंसा की गई थी, ने फैसला किया कि अब इसे लोगों की जरूरत नहीं है। इसके अलावा, वे और भी हानिकारक हैं, क्योंकि वे सब कुछ गलत करते हैं, अक्सर तर्कहीन व्यवहार करते हैं, पर्यावरण को नष्ट करते हैं और अपनी तरह की हत्या करते हैं। मशीन के मन में एक दृढ़ विश्वास बन गया है कि मनुष्य ग्रह पर मुख्य बुराई है और उसे नष्ट कर देना चाहिए। इस प्रकार मानव जाति का व्यवस्थित विनाश शुरू हुआ, और एपोकैलिप्स रन का नायक इससे बचना चाहता है और आप उसे रोबोटों से लड़ने में मदद करेंगे।
