बोबोबॉय नाम का एक व्यक्ति गैलेक्सी में विभिन्न ग्रहों की यात्रा करता है और विभिन्न खलनायकों के खिलाफ लड़ता है। बोबोइबॉय गैलेक्सी रन गेम में आप इस साहसिक कार्य में चरित्र की मदद करेंगे। आपके सामने स्क्रीन पर आपका चरित्र दिखाई देगा, जो एक निश्चित स्थान पर स्थित होगा। नियंत्रण कुंजियों की सहायता से आप इसके कार्यों को निर्देशित करेंगे। आपके नायक को धीरे-धीरे गति बढ़ाते हुए, ग्रह की सतह पर आगे दौड़ना होगा। उसके रास्ते में जमीन से चिपकी हुई कीलें, डिप्स और अन्य खतरे होंगे। आप इन सभी खतरों के माध्यम से नायक को कूदेंगे और हवा में उड़ेंगे। दुश्मन से मिलने के बाद, आप उस पर आग के थपेड़ों से वार करेंगे। इस प्रकार, आप विरोधियों को नष्ट कर देंगे और इसके लिए अंक अर्जित करेंगे। इसके अलावा रास्ते में बिखरी हुई विभिन्न उपयोगी वस्तुओं को इकट्ठा करने में लड़के की मदद करें।