समुद्री लुटेरों ने सभी को पकड़ लिया और यहां तक कि निंजा ने भी अपना धैर्य खो दिया और अभिमानी समुद्री लुटेरों को दंडित करने का फैसला किया। निन्जाओं के एक दस्ते ने उन द्वीपों में से एक पर घात लगाकर हमला किया, जहां समुद्री डाकू समय-समय पर अपने चुराए गए खजाने को छिपाने के लिए देखते हैं। गेम एंग्री निंजा में आप निन्जा को समुद्री लुटेरों को नष्ट करने में मदद करेंगे। खलनायक किलेबंदी बनाने और उनके पीछे छिपने की कोशिश करेंगे, लेकिन आपके सटीक शॉट उनके रास्ते में आने वाली हर चीज को मिटा देंगे। गेम एंग्री निंजा एंग्री बर्ड्स की शैली में बनाया गया है, लेकिन उनके और सूअरों के बजाय, पूरी तरह से अलग चरित्र हैं। निन्जा खुद प्रोजेक्टाइल बन जाएंगे, और आप उन्हें उन समुद्री लुटेरों पर लॉन्च करेंगे जो एंग्री निंजा में विभिन्न प्रकार के बीम के पीछे छिपे थे।
