अब तक, मारियो को केवल दुष्ट मशरूम, घोंघे और अपने शाश्वत दुश्मन बोसेर के अन्य मंत्रियों से निपटना था। लेकिन सुपर मारियो कमांडर में जो उसका इंतजार कर रहा है, उसकी तुलना में ये सिर्फ फूल हैं। मारियो की दुनिया पर अंतरिक्ष से एक कपटी हमला अप्रत्याशित रूप से किया गया था। दांतों से लैस भयानक और शातिर प्राणियों ने एक बार शांतिपूर्ण राज्य में कहर बरपाया। मारियो को एक गंभीर हथियार उठाना होगा और एक सुपर हीरो की भूमिका निभानी होगी। और उसे सफल होने के लिए, प्लंबर मास्टर को अपने लिए एक नई भूमिका निभाने में मदद करें। सुपर मारियो कमांडर में अंतरिक्ष समुद्री लुटेरों के प्लेटफार्मों को खाली करना और दुनिया को फिर से धरती पर लाना आवश्यक है।
