सुपर ज़ोंबी शूटर 2 में एक गुप्त प्रयोगशाला से रिसाव हुआ था। एक जासूस वहां घुसा और सामग्रियों की खोज करते समय उसने एक खतरनाक वायरस वाली टेस्ट ट्यूब तोड़ दी। एक छोटी सी कुप्पी ने बड़ा अनर्थ कर दिया। प्रयोगशाला में जासूस के साथ-साथ सभी लोग संक्रमित हो गए और उत्परिवर्ती ज़ोंबी में बदल गए। वायरस को भूमिगत बंकर से भागने से रोकने के लिए, आपको सभी संक्रमित लोगों को नष्ट करना होगा - सुपर ज़ोंबी शूटर 2 में आपके समूह के सामने बिल्कुल यही कार्य है। लेकिन सबसे पहले, आपको स्वयं अपने जीवन की रक्षा करनी चाहिए, इसलिए म्यूटेंट को अपने करीब न आने दें और आपको चोट न पहुँचाएँ।