सुपर मारियो फ्लैश 2 में मारियो का रोमांच जारी है। राजकुमारी पीच को बचाने का उनका पिछला मिशन सफल रहा था, लेकिन नायक को लंबे समय तक अपनी उपलब्धियों पर आराम नहीं करना पड़ा। बेचारी राजकुमारी का फिर से अपहरण कर लिया गया और इस बार यह काम एक अजगर ने किया। उसने बंदी को टॉवर में रखा और मशरूम साम्राज्य से पूर्ण समर्पण की मांग की। मारियो को अभी तक आराम करने का समय नहीं मिला था, लेकिन वह फिर से सड़क पर चला गया। इस बार उसे अधिक शत्रुओं का सामना करना पड़ेगा, वे झुंड बनाकर आक्रमण करेंगे। सुपर मारियो फ़्लैश 2 में अपने दुश्मनों के सिर पर कूदते हुए और उन्हें नष्ट करते समय तेज़ और फुर्तीले रहें।
