गेम काउंटर-स्ट्राइक: रिबूट का नायक, आपकी मदद से, बारह मिशनों में भाग लेगा। चूँकि सामग्री को पूरी तरह से गुप्त रखा जाता है, जैसे ही आप पिछला मिशन पूरा करेंगे, लक्ष्य प्रकट हो जायेंगे। पहले को अल्फा कहा जाता है और आपका काम उन आतंकवादियों के हमले को रोकना है जो आपके बेस पर कब्जा करना चाहते हैं। अन्य मिशनों में आपको अन्य कार्य भी करने होंगे, जैसे: बंधकों को मुक्त कराना, आतंकवादी ठिकानों को नष्ट करना, खदानों को साफ़ करना, इत्यादि। सभी मिशन समय में सीमित हैं, आपको काउंटर-स्ट्राइक: रिबूट में समस्याओं को जल्दी और कुशलता से हल करने की आवश्यकता है।
