पिक्सेल रन गेम में आप जिन रंगीन धावकों की मदद करेंगे, वे छोटे गोल पिक्सेल से बने होते हैं। वे नाजुक होते हैं और किसी बाधा से हल्की सी टक्कर से भी टूट सकते हैं। इसे देखते हुए, आपको अपने छोटे आदमी की रक्षा करनी चाहिए ताकि वह चतुराई से युद्धाभ्यास करे और सभी बाधाओं से बच सके। यदि यह संभव नहीं है, तो एक छोटी बाधा चुनें ताकि नायक को अपने शरीर का कम से कम नुकसान हो। साथ ही, उन गेंदों को न चूकें जो खोए हुए पिक्सेल की भरपाई करेंगी। भले ही नायक एक पैर पर या बिना सिर के फिनिश लाइन तक पहुंचता है, स्तर गिना जाएगा। यदि छोटा आदमी लगभग गायब हो जाता है तो आप हार जाएंगे, पिक्सेल रन में इसकी अनुमति नहीं दी जानी चाहिए।
