रनर ब्लॉब 3डी में जेली मैन शुरुआत में खड़ा होता है और जैसे ही आप उसे आगे बढ़ने की अनुमति देते हैं, वह दौड़ने के लिए तैयार हो जाता है। आगे एक ट्रैक है जो विभिन्न बाधाओं से भरा हुआ है, और वे सभी, अधिक या कम हद तक, जेली मैन के लिए खतरे हैं, क्योंकि उन पर काबू पाने के दौरान उसे खुद का एक हिस्सा खोना होगा। लेकिन यदि आप फ्री रन के दौरान चतुराई से जेली बॉल इकट्ठा करते हैं तो आपने जो खोया है उसकी भरपाई की जा सकती है। सवाल यह है कि हीरो ने इतनी खतरनाक दौड़ का फैसला क्यों किया। और यह सब बैंगनी क्रिस्टल के बारे में है जिन्हें उस दुनिया में वजन रखने के लिए एकत्र करने की आवश्यकता है जहां नायक रनर ब्लॉब 3 डी में रहता है।