निंजा अभी-अभी पदयात्रा से लौटा था और उसने अपने मूल मठ का दौरा करने का फैसला किया, जहाँ उसने अध्ययन किया था और उसके पसंदीदा शिक्षक, जिसने उसे भारी मात्रा में ज्ञान दिया था और उसे अपने शरीर और आत्मा को नियंत्रित करना सिखाया था। उन्होंने भिक्षुओं को निराशा और बड़ी हताशा में पाया। एक दिन पहले, लाल समुराई ने मठ पर हमला किया और रूणों के साथ प्राचीन पत्थरों का संग्रह चुरा लिया। ये पवित्र पत्थर हैं जो सदियों से मठ में रखे गए हैं। हमारे नायक ने चोरी की गई हर चीज़ वापस करने की कसम खाई और तुरंत अपनी यात्रा पर निकल पड़ा। निंजा रन में नायक को उसके पवित्र मिशन को पूरा करने में मदद करें। निंजा दौड़ेगा, और आप उसे समय पर बाधाओं और दुश्मनों पर कूदने, पत्थर इकट्ठा करने में मदद करेंगे।
