एलियन का जहाज दूर और अपरिचित ग्रह पृथ्वी पर रेगिस्तान में कहीं दुर्घटनाग्रस्त हो गया। एलियन ने हमारे ग्रह पर उतरने की योजना नहीं बनाई थी, लेकिन उसका जहाज उल्कापिंड से टकराने के कारण नियंत्रण खो बैठा और दुर्घटनाग्रस्त हो गया। पायलट जीवित बचने में कामयाब रहा, लेकिन उसके गिरने पर किसी का ध्यान नहीं गया। रडार और उपग्रहों ने एक अज्ञात वस्तु का पता लगाया और हेलीकॉप्टर तुरंत दुर्घटनास्थल पर उड़ गए। एलियन को भागने की जरूरत है; वह प्रयोग की वस्तु नहीं बनना चाहता। उसे तेजी से दौड़ने और चतुराई से कैक्टि और अन्य बाधाओं पर कूदने, सिक्के एकत्र करने में मदद करें। एलियन रनर में समय-समय पर आपको हेलीकॉप्टर द्वारा पकड़ लिया जाएगा और मिसाइलों से हमला किया जाएगा।
