रेवेन, स्टारफ़ायर, रॉबिन, बीस्ट बॉय और साइबोर्ग निन्जा के रूप में तैयार हैं और इस बात का इंतजार कर रहे हैं कि आप टीन टाइटन्स गो निंजा रन में किसे चुनते हैं। फिर एक अंतहीन दौड़ शुरू हो जाएगी, जो केवल आपकी गलती के साथ समाप्त हो सकती है। अनेक बाधाओं के साथ सड़क पर दौड़ने में नायक की सहायता करें। यदि यह आपके लिए बहुत कम और बहुत आसान लगता है, तो प्रतीक्षा करें, धावक की गति बढ़ जाएगी, अधिक बाधाएँ होंगी, और एक हेलीकॉप्टर भी दिखाई देगा, जिससे आप समय-समय पर ट्रैक पर छेद करेंगे जिसके माध्यम से आपको कूदना होगा। टीन टाइटन्स गो निंजा रन में प्रत्येक बाधा के माध्यम से अपना रास्ता नेविगेट करने के लिए तीर कुंजियों का उपयोग करें।