लंबे समय से पीड़ित शहर में, Naruto 3D Game में बुरे लोग वापस आ गए हैं। वस्तुतः एक दिन पहले, पीले नायक ने हग्गी राक्षसों और शहरवासियों के साथ शांति से पेश आया, लेकिन खिलौना राक्षसों को दुष्ट लोगों - काले निन्जा द्वारा बदल दिया गया था, और केवल वह नायक जिसे आप नारुतो के नाम से अच्छी तरह जानते हैं, उन्हें संभाल सकते हैं। चमकीले जंपसूट में पीले बालों वाला एक लड़का एक बार फिर शहर को बचाने के लिए तैयार है। ऊपर दाईं ओर आपको एक नक्शा मिलेगा जिस पर डाकुओं को लाल डॉट्स के साथ चिह्नित किया गया है। नायक को स्थानांतरित करने के लिए ASDW तीरों का उपयोग करें, और जैसे ही आपको खलनायक मिल जाए, उसे नष्ट कर दें, जैसा कि नारुतो जानता है कि कैसे। माउस बटन पर क्लिक करें और हीरो सब कुछ खुद करेगा। Naruto 3D Game में दुश्मन के सिर के ऊपर का बार गायब हो जाने पर वह गिर जाएगा।
