इस तथ्य के बावजूद कि सुपर मारियो रन जंप में मारियो नश्वर खतरे में है, आपके साथ काफी हंसमुख संगीत होगा। नायक का पीछा एक विशाल राक्षस द्वारा किया जा रहा है जो पीएसी-मैन की तरह दिखता है, लेकिन काला है और उसके बड़े तेज दांत हैं। उनके साथ, वह अपने रास्ते में सब कुछ पीसता है और पूरे मशरूम साम्राज्य को निगलने वाला है। जब तक प्लंबर को यह पता नहीं चलता कि दुर्भाग्य से कैसे छुटकारा पाया जाए, उसे भागना होगा। लेकिन रास्ते में, हमेशा की तरह, दुष्ट मशरूम दिखाई देंगे, वे यह नहीं समझते हैं कि वे भी खतरे में हैं और मारियो को नुकसान पहुंचाते रहते हैं। सुपर मारियो रन जंप में सिक्के एकत्र करते समय उन पर और अन्य सभी बाधाओं पर कूदें।
