मशरूम साम्राज्य को विदेशी आक्रमण का सामना करना पड़ा है। विदेशी रोबोट प्लेटफार्मों और सड़कों पर चलते हैं, अपने लोहे के पंजों से सभी निवासियों को धमकाते हैं। मारियो एकमात्र ऐसा व्यक्ति है जो हमलावर का विरोध करने में सक्षम है, वह पहले ही मशरूम खा चुका है, एक बड़ा सुपर मारियो बन गया है, खुद को हथौड़े और पत्थरों से लैस कर चुका है और लड़ने के लिए तैयार है। नायक की मदद करें, वह बहुत तेज़ी से आगे बढ़ेगा, और निचले दाएं कोने में चयनित बटन दबाकर, उसे या तो पत्थर फेंकने पर मजबूर करें या दुश्मन के सिर पर हथौड़े से वार करें। बड़े रोबोटों पर पत्थर फेंकना बेहतर है। और छोटे बच्चों के लिए, सुपर मारियो रन में सिर पर एक जोरदार झटका काफी है।
