कुछ समय तक, निंजा साम्राज्य शांति से रहा और विकसित हुआ, नए शहर बनाए गए, जनसंख्या में वृद्धि हुई और फिर बाहरी इलाकों से खतरनाक संकेत आने लगे। लोगों ने फिर से पुरानी कालकोठरियों से अंधेरी ताकतों के प्रभाव को नोटिस करना शुरू कर दिया। तो वर्गाकार निंजा राजा को फिर से कैटाकॉम्ब में जाने और गेम किंगडम ऑफ निंजा 4 में उन्हें साफ़ करने की आवश्यकता है। आप और वह खुद को भूलभुलैया के प्रवेश द्वार पर पाएंगे और एक के बाद एक स्तरों को पार करने में उसकी मदद करेंगे। आपको लाल झंडे से दरवाजे तक जाने की जरूरत है, लेकिन ऐसा करने के लिए आपको अधिकतम निपुणता का उपयोग करना होगा, क्योंकि आगे कई जाल हैं। ये घूमने वाली आरियाँ, नुकीली कीलें, दीवारों से तोप के गोले दागने वाली तोपें और कई अन्य चीजें होंगी। आपको चतुराई से उनके बीच पैंतरेबाज़ी करने, कूदने और लक्ष्य की ओर बढ़ने की ज़रूरत है। राक्षस आपकी ओर आएंगे, लेकिन उन्हें मारने की कोशिश न करें, क्योंकि आपका नायक निहत्था है, इसलिए गेम किंगडम ऑफ निंजा 4 में उन्हें आसानी से बायपास करना बेहतर है - वे आपका पीछा नहीं करेंगे। कीमती क्रिस्टल, सोने के सिक्के और खुले ख़जाना इकट्ठा करें। एक बार जब आप अंतिम स्तर पर पहुंच जाते हैं और सभी कीमती सामान इकट्ठा कर लेते हैं, तो पीछे बचे राक्षस वाष्पित हो जाएंगे और राज्य के निवासियों के लिए कोई समस्या पैदा नहीं करेंगे।
