निंजा साम्राज्य एक बार फिर बेचैन है - कालकोठरी में एक प्राचीन बुराई जागृत हो गई है और इसका प्रभाव राज्य के निवासियों तक फैल गया है। फ़सलें सूख जाती हैं, लोग और जानवर बीमार हो जाते हैं और इससे राजकोष कम हो जाता है। गेम किंगडम ऑफ निंजा 2 में, निंजा राजा दुष्ट प्राणियों से छुटकारा पाने के लिए फिर से भूमिगत मंदिरों में जाएंगे। इसके अलावा, अन्य प्राणियों की प्रत्येक उपस्थिति के साथ-साथ भूलभुलैया में सोने की संदूकों की आवाजाही भी होती है। यह एक अजीब घटना है, लेकिन यह देखा गया है कि एक बार जब सारा खजाना खत्म हो जाता है, तो राक्षस विलीन हो जाते हैं। यह एक बहुत ही भाग्यशाली संयोग है, क्योंकि इस तरह से राजा राजकोष को फिर से भरने और अपने राज्य के निवासियों का समर्थन करने में सक्षम होगा। आप उसके साथ भूमिगत हो जायेंगे और उसे सभी परीक्षण पास करने में मदद करेंगे। बहुत सारे जाल उसका इंतजार कर रहे हैं, जो पॉली और छत से दिखाई देंगे। कुछ गलियारों में आगे बढ़ेंगे और उनसे टकराने से बचने के लिए आपको चतुराई से चलना होगा। राक्षसों से मिलने के बाद, उन्हें लड़ाई में शामिल करने की कोशिश न करें, क्योंकि आपका नायक निहत्था है, आपके लिए बेहतर होगा कि आप बिना ध्यान दिए उनके पीछे से निकल जाएं या बस कूद जाएं और गेम किंगडम ऑफ निंजा 2 में अपने रास्ते पर चलते रहें। हर एक सिक्का इकट्ठा करें और फिर कालकोठरी फिर से सुरक्षित हो जाएगी।
