एक सड़क पर बदमाश जैक ने ट्रेन स्टेशन में प्रवेश किया और स्प्रे कैन का उपयोग करके दीवारों को पेंट करना शुरू कर दिया। इस कब्जे के दौरान वह एक पुलिसकर्मी द्वारा पकड़ा गया था। अब आप गेम में रेलवे रनर 3 डी को पुलिसकर्मी से बचने के लिए धमकाने में मदद करेंगे। अगर वह ऐसा नहीं कर पाता है, तो जैक को जेल में डाल दिया जाएगा। आप धीरे-धीरे गति प्राप्त करते हुए एक निश्चित मार्ग के साथ आगे बढ़ेंगे। उसके रन के रास्ते में कई तरह की बाधाएँ आएंगी। आपको कुछ बाधाओं पर अपने नायक को कूदना होगा। दूसरों, इसके विपरीत, लड़के को चारों ओर भागना होगा।
