प्राचीन जापान में, विशेष मंदिर थे जिसमें उन्होंने निंजा के रूप में ऐसे युद्ध तैयार किए थे। आप निंजा रन 3 डी खेल में उनमें से एक में जाते हैं और एक निंजा को विभिन्न प्रकार के प्रशिक्षण के माध्यम से जाने में मदद करते हैं। आज, आपके नायक को विशेष रूप से निर्मित बाधा कोर्स के साथ-साथ अन्य निन्जाओं के साथ चलना होगा और पहले फिनिश लाइन पर आना होगा। आप उसके कार्यों का प्रबंधन करेंगे। आपको कई बाधाओं पर कूदना होगा, विभिन्न बाधाओं पर चढ़ना होगा और कई और कार्य करने होंगे जो आपके निंजा को प्रतियोगिता जीतने में मदद करेंगे।