दूर के भविष्य में, वैज्ञानिकों ने वस्तुओं को सूक्ष्म आकारों में कम करना सीख लिया है। आज खेल बीजाणु हंटर में, उन्होंने सूक्ष्म दुनिया का पता लगाने के लिए एक विशेष विमान पर पायलट भेजने का फैसला किया। आपके नायक को एक निश्चित मार्ग के साथ उड़ान भरना होगा और इस दुनिया का पता लगाना होगा। बीजाणुओं से मिलकर प्राणी हमारे नायक पर हमला करेंगे। दर्ज किए गए नंबर उनमें दिखाई देंगे। उनका मतलब है कि जीव को इसे नष्ट करने के लिए आपको कितनी हिट करने की आवश्यकता है। आप चतुराई से अपने जहाज पर युद्धाभ्यास करते हैं और अपने हथियार से उस पर गोली चलाएंगे और बीजाणुओं को नष्ट करेंगे।