राजकुमारी अन्ना ने शहर के गुप्त क्षेत्र में जाने और यह देखने का फैसला किया कि आम लोग कैसे रहते हैं। शहर में घूमते हुए उसने शहर की मेट्रो से उतरने का फैसला किया। लेकिन परेशानी यह है कि अपराधियों में से एक ने उसे पहचान लिया और अब, अपने साथियों के साथ मिलकर फिरौती मांगने के लिए कब्जा कर लेना चाहता है। आप खेल सबवे राजकुमारी रन में राजकुमारी को मेट्रो सुरंगों के माध्यम से उनसे बचने में मदद करने के लिए होगा। आपकी नायिका धीरे-धीरे गति पकड़कर और हर जगह स्थित विभिन्न सोने के सिक्कों और अन्य वस्तुओं को इकट्ठा करके उनके माध्यम से चलेगी। आप बाधाओं के साथ टकराव से बचने और विभिन्न बाधाओं पर कूदने में उसकी मदद करने की आवश्यकता होगी।
