ಆಟದ ಪ್ಯಾಂಡೆಮಿಕ್ 2 ರ ಎರಡನೇ ಭಾಗದಲ್ಲಿ, ಎಲ್ಲಾ ಮಾನವೀಯತೆಯನ್ನು ಮಾರಣಾಂತಿಕ ಸಾಂಕ್ರಾಮಿಕವಾಗಿ ನಾಶಮಾಡುವ ನಿಮ್ಮ ಮಿಷನ್ ಅನ್ನು ನೀವು ಮುಂದುವರಿಸುತ್ತೀರಿ. ನೀವು ರೋಗದ ಪ್ರಕಾರವನ್ನು ಆರಿಸುವುದರೊಂದಿಗೆ ಆಟವು ಪ್ರಾರಂಭವಾಗುತ್ತದೆ: ವೈರಸ್, ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ ಅಥವಾ ಪರಾವಲಂಬಿ. ನಂತರ ನೀವು ನಿಮ್ಮ ಸೋಂಕಿನ ಆರಂಭಿಕ ಹಂತವನ್ನು ಆರಿಸಿಕೊಳ್ಳುತ್ತೀರಿ. ಅಲ್ಲಿಂದ ನೀವು ನಿಮ್ಮ ರೋಗವನ್ನು ಪ್ರಪಂಚದ ಇತರ ಭಾಗಗಳಿಗೆ ಹರಡಬೇಕಾಗುತ್ತದೆ. ಪ್ರಪಂಚದಾದ್ಯಂತ ಹರಡುವ ಮೂಲಕ, ನಿಮ್ಮ ರೋಗವನ್ನು ನೀವು ಸುಧಾರಿಸಬಹುದು ಮತ್ತು ಜನರು ಅದರಿಂದ ಬಳಲುತ್ತಿರುವಂತೆ ಮಾಡಬಹುದು. ನಿಮ್ಮ ವೈರಸ್ ಅನ್ನು ನಿರಂತರವಾಗಿ ಮಾರ್ಪಡಿಸಿ ಇದರಿಂದ ಮಾನವೀಯತೆಯು ಅದನ್ನು ಗುಣಪಡಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಿಲ್ಲ. ಆದ್ದರಿಂದ ಕ್ರಮೇಣ ನೀವು ಆಟದ ಸಾಂಕ್ರಾಮಿಕ 2 ರಲ್ಲಿ ಗ್ರಹದ ಸಂಪೂರ್ಣ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ನಾಶಪಡಿಸುತ್ತದೆ