અત્યાર સુધી, મારિયો માત્ર દુષ્ટ મશરૂમ્સ, ગોકળગાય અને તેના શાશ્વત દુશ્મન Bowser અન્ય minions સાથે વ્યવહાર હતો. પરંતુ સુપર મારિયો કમાન્ડરમાં તેની રાહ જોવામાં આવે છે તેની તુલનામાં આ ફક્ત ફૂલો છે. મારિયોની દુનિયા પર અવકાશમાંથી એક કપટી હુમલો અનપેક્ષિત રીતે કરવામાં આવ્યો હતો. ભયંકર અને દ્વેષી જીવો, દાંતથી સજ્જ, એક સમયે શાંતિપૂર્ણ રાજ્યમાં પાયમાલી સર્જી હતી. મારિયોએ એક ગંભીર શસ્ત્ર ઉઠાવવું પડશે અને સુપર હીરોની ભૂમિકા ભજવવી પડશે. અને તેને સફળ બનાવવા માટે, પ્લમ્બર માસ્ટરને પોતાના માટે નવી ભૂમિકામાં મદદ કરો. સ્પેસ પાઇરેટ્સના પ્લેટફોર્મ સાફ કરવા અને સુપર મારિયો કમાન્ડરમાં દુનિયાને ફરી પૃથ્વી પર લાવવી જરૂરી છે.